El elevado valor ecológico del patrimonio natural existente en el territorio del Geoparque propuesto, destaca por la presencia de algunos de los enclaves de mayor diversidad biológica de España. Cuenta con 7 espacios naturales protegidos (integrados en la Red Ecológica Europea Natura 2000): 1 Parque Natural, 5 Zonas de Especial Conservación – ZEC (costero, fluvial y montaña oriental) y 1 Zona de Especial Protección para las Aves – ZEPA. Las Marismas de Santoña están catalogadas como Humedales de Importancia Internacional de la Lista Ramsar (Convenio Ramsar).

Dichos espacios, que albergan la práctica totalidad de los “geositios” en su ámbito territorial, constituyen a través de sus planes de gestión las figuras de protección jurídica existentes, además de las vinculadas al catálogo de paisajes relevantes de Cantabria.

En relación con el patrimonio subterráneo, de las aproximadamente 9.000 cavidades subterráneas censadas en Cantabria, más de 4.000 están catalogadas en esta zona. En muchas de esas cuevas, o en su entorno próximo, se han encontrado restos arqueológicos de gran interés contribuyendo a su declaración como Bien de Interés Cultural (BIC). En el territorio del Geoparque existe ya una figura UNESCO, representada por la cueva de Covalanas, en Ramales de la Victoria, que fue declarada en 2008, por sus pinturas rupestres, Patrimonio de la Humanidad de la Unesco. Además, el Parque Natural de las Marismas de Santoña, Victoria y Joyel y la Montaña Oriental Costera están catalogados a nivel internacional como Áreas Importantes para la Conservación de las Aves y la Biodiversidad (IBA)